No entanto, ao contrário da versão de arcade, esta versão de console teve a maior parte de suas cenas, encerramentos etc e até vários quadros de animação removidos devido a limitação do hardware do cartucho do Nintendo 64. Isto aconteceu por causa do sistema básico do cartucho que, por causa das cutscenes serem exibidas em tela cheia poderiam ocupar centenas de megabytes de espaço. Alguns quadros tiveram de ser removidos ou substituídos. Para compensar a perda de animação, todas as fases do jogo foram completamente renderizadas em 3D.
Historia
A história começa exatamente de onde o primeiro Killer Instinct parou. Todo o prédio da Ultratech é enviado 2000 anos no passado com a morte de Eyedol. Junto com o prédio, são levados Jago, Combo, Orchid e, sem que eles saibam, Sabrewulf e um modelo mais avançado de Fulgore. O novo Fulgore já estava em construção enquanto o velho lutava. Seus criadores buscaram corrigir todas as falhas do velho modelo nele, além de dar-lhe novas habilidades. Já Sabrewulf foi submetido a experimentos horríveis, incluindo a substituição de seus braços por braços mecânicos com garras estendidas, muito maiores e muito mais letais. Mas esses experimentos custaram a sanidade de Sabrewulf, que sucumbe à sua fera interior e vai perdendo seu lado humano.
Jago pede ajuda ao seu espírito-guia, o Tiger Spirit, e é aí que ele se choca: o Tiger Spirit era nada menos que Gargos, o segundo lorde da guerra. Diferentemente de Eyedol, Gargos não conseguiu sair do limbo durante o primeiro Killer Instinct, mas passou a manipular Jago para a destruição de seu inimigo. Com a morte de Eyedol, Gargos estava livre novamente. Furioso, Jago jura vingança contra Gargos, enquanto Combo e Orchid tentam voltar para seu tempo. Gargos ressuscita Spinal, que mesmo 2000 anos antes do primeiro Killer Instinct já estava morto, e seu povo para servirem a ele. Spinal obedece as suas ordens, mas não fica muito feliz em ter de serví-lo.
